Một số bệnh nhiễm khuẩn thường gặp trên các đối tượng cá nuôi nước ngọt (cá tra, cá basa, cá rô phi, cá điều hồng, cá lóc...) và cá nuôi nước mặn, lợ (cá mú, cá chẽm...) là: bệnh lở loét, đốm đỏ, đốm trắng, hoại tử và xuất huyết các vây, bệnh trùng bánh xe, sán lá, giun tròn, đỉa cá, rận cá...
Phân loại bệnh cá: Bệnh nhiễm khuẩn: Bệnh trên các loài cá nuôi nước ngọt: Bệnh nhiễm khuẩn huyết do Aeromonas, bệnh nhiễm khuẩn do Pseudomonas (bệnh đốm đỏ), bệnh nhiễm khuẩn huyết do Edwardsiella (Edwarsiellosis). Bệnh trên các loài cá nuôi nước mặn do nhóm Vibrio (Vibriosis). Bệnh do giáp xác ký sinh: Bệnh do trùng mỏ neo, bệnh rận cá, bệnh nấm thuỷ mi.
Thiếu oxy, bùng phát tảo hay thiếu dinh dưỡng, chất lượng nước thay đổi đột ngột cũng là các nguyên nhân quan trọng làm cá dễ nhiễm bệnh.
Cần hạn chế dùng kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản. Sử dụng thuốc, hoá chất phòng và trị bệnh thủy sản phải theo hướng dẫn của kỹ thuật viên chuyên ngành. Để đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm và chất lượng thuỷ sản, người nuôi phải ngừng sử dụng thuốc trước khi thu hoạch theo hướng dẫn của nhà sản xuất.
Nguyên tắc phòng bệnh căn bản nhất là kiểm soát nguồn nước, thức ăn, con giống phải khoẻ mạnh. Hạn chế xảy biến động môi trường đột ngột trong quá trình vận chuyển giống, thả giống, thời tiết.
